Le 1^er février 2018, la Confédération, Genève, Vaud et la Région Auvergne-Rrône-Alpes ont signé à Genève une lettre d’intention .  Elle porte sur la nécessité et le souhait de créer une entité binationale qui pourrait traiter des  divergences techniques ou juridiques existant entre la France et la Suisse. Elle aurait ainsi autorité de prendre des décisions en ce qui concerne les différents acteurs qui vont intervenir sur la ligne Léman-Express. Il est cependant prévu que cette autorité organisatrice unique n’ait comme interlocuteur qu’une seule entreprise exploitante, encore à définir par les CFF et la SNCF. Elle devra aussi s’assurer de la qualité des prestations offertes.

Une direction unique pour le Léman Express dans la Tribune de Genève